Abbandonati sulle lontane spiagge del Madagascar, gli animali newyorkesi hanno architettato un piano così folle che potrebbe funzionare! Con precisione militare i pinguini hanno riparato un vecchio aereo e i 4 protagonisti (Alex il leone, Marty la zebra, Melman la giraffa e Gloria l'ippopotamo) partono in volo fino ad uno dei posti più selvaggi del mondo, le pianure dell’Africa, dove la nostra ciurma di animali da zoo incontra per la prima volta degli esemplari della loro stessa specie. Mentre riscoprono le loro radici, rapidamente realizzano le differenze fra la giungla di cemento e il cuore dell'Africa. Nonostante parenti persi da tempo, rivali in amore e astuti cacciatori, l'Africa sembra un frenetico party... ma sarà meglio della loro vecchia casa a Central Park?